下取り前提の場合、契約書を確認して下さい。違約金がかかる場合もありますので。1万程度で済むとは思いますがそこは聞いて見ないと分かりません。 他で売却する場合は修理せずそのまま売却した方が良いと思います。修理代40万に対して買取額がその分戻る可能性は低いです。

新車購入が下取り前提とかの契約じゃないなら他に売ってok

仮に40万円払って修理しても難癖付けられて元の値段に戻りませんよ。 その手の業者がよく言うのですが「車はナマモノだから1週間経過するだけで世の中の需要も影響し値段なんで変わる」とか、似たような経験あります。 助言するならそこで売却は諦めて他で見積もってもらいましょう。足元見られた時点で相手にしてはダメです。 そして売る気なら錆まで行かない状況なら修理しなくて良いです。相手業者もプロなので安く済ませる懇意にしてる板金屋なんて絶対抱えてますから修理費以上に査定が上がる事はありません。 ただし放置して錆まで行ったら話は別、タッチペンでも良いので錆止めはしましょう。